El nuevo edificio neoclásico del colegio fue inaugurado en 1941. Tiempo después entre 1952 y 1953, el gobierno Nacional y los padres jesuitas acordaron crear la Fundación del Colegio Mayor de San Bartolomé.

El acuerdo se centró en que los jesuitas cedían el espacio que hoy ocupa la Plazoleta de Camilo Torres al Estado y el Estado les devolvía el resto del edificio, salvo lo que ocupa el Museo Colonial. Por esta razón, tuvo que demolerse parte del tradicional claustro colonial para dar paso al espacio abierto que se conoce hoy y que se esperaba fuera terminado en la celebración de los 150 años de la independencia nacional.