Desde la fundación del Colegio, se esperaba que los estudiantes asistieran a la Eucaristía y realizaran sus oraciones diarias. Para ello, se adecuaron capillas y otros oratorios propios de la vida colonial. Cuando se construyó el nuevo edificio en el siglo XX, se diseñó un espacio especial en el segundo piso para una capilla que atendiera de forma directa e inmediata a los estudiantes. Esta capilla fue construida en 1952 gracias al aporte de la Escuela Apostólica de San Alonso, adquiriendo parte del estilo que conserva en la actualidad.

Por la disposición original de las esculturas, puede decirse que el oratorio fue dedicado a la Sagrada Familia. En el altar mayor se ubicaba esta imagen, acompañada por las esculturas de San Luis Gonzaga, patrono de la juventud, a la derecha—quien originalmente sostenía una cruz que ya no tiene—y de San Pedro Claver a la izquierda.

Dentro de la capilla se encuentra la escultura de San Pedro Claver, sacerdote jesuita quien llegó a Santafé en 1610 y, cuatro años después, se trasladó a Cartagena, donde dedicó cerca de cuarenta años al servicio y protección de los esclavizados africanos, tanto de los que permanecían allí como de los que estaban de paso. Su valiente y santa labor lo llevó a ser canonizado en 1888 por el papa León XIII.